Muzeum Podkrkonoší v Trutnově bylo založeno v roce 1890 tehdejším starostou dr. Josefem Flöglem se začleněním pod německou správu. Počátky muzea nebyly jednoduché. Začínalo se velmi skromně. Nebylo k dispozici stálé sídlo, a tak byl sbírkový fond , který byl tvořen ponejvíce z darů, shromažďován v budově reálky ve Školní ulici. V počátečních letech existence muzea dosahoval počet evidovaných předmětů jen několik desítek. Teprve polovina 20. let 20. století přinesla určitý zlom a sbírka se začala utěšeně rozrůstat. O této době lze již také hovořit jako o počátcích cílevědomé sbírkotvorné činnosti trutnovského muzea. Po mnohých stěhovacích peripetiích získalo muzeum v roce 1927 několik místností v dívčí obecné a měšťanské škole, sídlící v budově bývalého hradu.
Teprve v roce 1950 připadl celý objekt výhradně muzeu. V této době bylo zaevidováno zhruba 6 tisíc předmětů a začaly se také pořádat krátkodobé výstavy. Muzejní fond se v následujících letech úctyhodně rozrůstal.
Za dobu své existence prošla instituce dvěma rozsáhlými opravami. Renovovaly se rovněž expozice. Po poslední rekonstrukci v roce 1991 byla nově vybudována expozice „Bitva u Trutnova 27.6.1866", která připomíná jednu z významných historických událostí Trutnovska. V létě 1998 byla zpřístupněna další stálá expozice „Poklady minulosti", která představuje průřez muzejním depozitářem.
Ve sklepeních muzea se v současnosti nachází proslulá restaurace a music club Pod Hradem, kde mohou návštěvníci při konzumaci obdivovat a vnímat atmosféru původních prostor středověkého hradu.