Muzeum provádí na základě uzavřené dohody s Akademií věd ČR na území okresu Trutnov archeologické výzkumy dle zákona č. 20/1987 Sb. O státní památkové péči, v platném znění, se zaměřením především na výzkumy záchranné, konané v rámci stavební činnosti, jejichž účelem je poznání archeologických památek (situací, nálezů) před jejich narušením či zániku stavební aktivitou.
Touto výzkumnou činností také je v současnosti získáván archeologický materiál do muzejní sbírky. Archeologická podsbírka zahrnuje však i materiál ze starších výzkumů, prováděných v trutnovském regionu v 50. - 70. letech 20. století, především Archeologickým ústavem ČSAV (A. Hejna). Tzv. starý fond obsahuje také starší ojedinělé, příležitostné nálezy, učiněné většinou laiky při stavebních aktivitách a odevzdané muzeu. Ve sbírce se tak nachází např. keramický materiál z hrádku Bolkova u Libče, Bradla u Hostinného, Břečtejna u Vlčic, trutnovského hradu - dnešního muzea, nebo část kovového inventáře z hradu Vizmburku, soubor keramiky z Černé stráně u Dolní Kalné.




